Tillatelser til oppdrett tildeles normalt løpende av fylkeskommunen etter søknad, men kommersielle matfisktillatelser til laks, ørret og regnbueørret i sjøvann er antallsbegrenset, noe som innebærer at de tildeles når departementet bestemmer det. Dette skyldes at det er stor etterspørsel etter slike tillatelser, og myndighetene har derfor kontrollert veksten av hensyn til blant annet miljø og marked.
For de antallsbegrensete tillatelsene av matfisk av laks, ørret og regnbueørret i sjøvann er normen at de tildeles i to trinn («totrinnssystemet»): Først tar Fiskeridirektoratet stilling til hvilke søkere som skal få tilsagn om tillatelse. Ved konkurranse vil disse tilsagnene gjelde personvalget (enten dette er en fysisk eller juridisk person). Tilsagnene er enkeltvedtak med klagerett. Slike tilsagn gir ikke rett til drift. Deretter behandler koordinerende myndighet, per i dag fylkeskommunen, søknaden om klarering av lokalitet.
Det er først når lokaliteten er klarert og eventuelle øvrige vilkår i tilsagnet er oppfylt, at det ved utstedelse av tillatelsesdokumentet fattes vedtak som gir rett til drift. Det er likevel å anse som én tillatelse, ettersom virksomheten bare kan utøves når man kan produsere en bestemt art på en bestemt lokalitet.
Hver enkelt tillatelse er avgrenset i maksimalt tillatt biomasse (MTB) på to nivåer; selskaps- og lokalitetsnivå. MTB-systemet innebærer at innehaveren ikke på noe tidspunkt kan ha en stående biomasse (antall kg levende fisk i sjøvann) som overstiger tillatt MTB på selskapsnivå. På hver lokalitet kan biomassen ikke overstige den enkelte lokalitets fastsatte MTB.
Det finnes også det som heter særtillatelser for laks, ørret og regnbueørret, dette kan for eksempel være visningstillatelser, forskningstillatelser og undervisningstillatelser. Tillatelse til stamfisk og slaktemerd sorterer også under særtillatelser.
En akvakulturtillatelse gis altså av fylkeskommunen etter søknadsbehandling etter akvakulturlovgivningen. Fylkeskommunen kan imidlertid selv gi akvakulturtillatelser for settefisk av laksefisk, matfisk av laksefisk på land, skjell, alger, og alle andre fiskearter. Da behøves det ikke tilsagn fra Fiskeridirektoratet, men søknad sendes direkte til fylkeskommunen som kan gi tillatelser for produksjon og lokaliteter for dette. Disse er også vederlagsfrie, men det betales saksbehandlingsgebyr for alle søknader.